Chile fue el octavo país del mundo que recibió a los Salesianos y el 4º de América, después de Argentina, Uruguay y Brasil. Tal como lo había prometido el Santo Fundador, Juan Bosco, al Vicario Capitular de Concepción, Monseñor Domingo Benigno Cruz, los Sacerdotes Salesianos encabezados por el Padre Santiago Costamagna llegaron a Chile y a Concepción el 6 de marzo de 1887, haciéndose cargo de una casa para huérfanos que llevaba por nombre  "Talleres San José”, dirigida por el sacerdote Espiridión Herrera. Doce fue el número de jóvenes que se convirtieron en los primeros alumnos del colegio, cuya finalidad era dar educación “laboral” para que estos niños pudieran ganarse la vida. 

Durante los primeros cincuenta años de existencia el Colegio Salesiano fue exclusivamente Industrial o para Artes y Oficios. Las primeras especialidades eran zapatería y carpintería; el primero de los directores salesianos fue Evasio Rabagliati. Pronto se abrió un oratorio festivo que llegó a contar con 90 muchachos de todas las edades, Luego vendría la apertura de una Escuela Básica y la formación de la primera Banda del Colegio, con aportes desde Europa. A lo largo de sus 129 años de historia el Colegio Salesiano se ha caracterizado por adaptar su quehacer a las diversas necesidades que la región y el país requiere. Durante sus 129 años de existencia, el Colegio ha debido hacer frente a una serie de catástrofes que obligaron a mejorar sus estructuras. El 23 de Agosto de 1918 un voraz incendio arrasó con las construcciones; en 1939 el terremoto que sacudió a Concepción destruyó parte de sus obras; un año más tarde (1940), el desborde del estero “Caudaloso” inundó las plantas bajas del Colegio. Posteriormente, entre 1941 y 1943, tuvo lugar dos nuevos incendios y el terremoto de 1960 terminó con el edificio y el templo en el suelo. El terremoto del 27 de febrero de 2010 provocó la caída parcial del mítico monumento “La Virgen del Patio”, el que fue rápidamente restaurado y reinaugurado con motivo del bicentenario de nuestro país. En la actualidad, el Colegio Salesiano de Concepción, cuenta con una moderna construcción de aulas y talleres que atiende a más de 1600 alumnos distribuidos en Educación Parvularia y 1er Ciclo Básico (Prekinder, Kinder, 1er y 2do básico), Enseñanza Básica (5° a 8° básico) y Enseñanza Media (1° a 4° medio) de las modalidades Científico Humanista y Técnico Profesional. Respecto a esta última, la Escuela Industrial San José, cuenta con cuatro especialidades: Mecánica Automotriz, Electricidad, Electrónica y Telecomunicaciones. El Colegio Salesiano de Concepción posee la Certificación del Sello de Calidad, lo que se traduce en buenas prácticas de gestión escolar y en la garantía de calidad educativa en la formación de nuestros niños y jóvenes. Innumerable es la cantidad de ex estudiantes esparcidos por Chile y la Región en ámbitos religiosos, de las artes, de las ciencias y de la política, los que constituyen un testimonio vivo de la formación y educación realizada por la congregación. Así, la obra Salesiana continúa educando jóvenes al servicio de la sociedad bajo el lema de Don Bosco.

El Santuario María Auxiliadora, que se encuentra ubicado al costado derecho del Colegio Salesiano, fue bendecido el 15 de agosto de 1980 por monseñor Manuel Sánchez B., por ese entonces Arzobispo de Concepción, y consagrado a Dios como Santuario de la Virgen Auxiliadora el 15 de agosto de 2005, por monseñor Ricardo Ezzati, el que en esa época era Obispo Auxiliar de Santiago. El Santuario está dedicado a la Virgen para que los Salesianos y los cristianos en general recurran a la protección materna de María, invitando a los fieles a ser devotos de la Madre y a proclamar a todo el pueblo este amor como una necesidad imperiosa en estos tiempos. En diciembre de 2010, fue reconocido por decreto de la Arquidiócesis de Concepción, como Santuario consagrado a María Auxiliadora.